Agus masih hidup dan Irian Barat akhirnya jatuh ke tangan Indonesia.
Baca: Meninggal Saat Live Tapi Videonya Tak Pernah Ditayangkan TV, Kabar Suami & Anak Artis Ini Bikin Pilu
Kabar buruk kemudian menghampiri. Pada akhir 1964, diadakan sebuah pertemuan perwira RPKAD membahas penghapusan tentara cacat dari RPKAD dan Agus termasuk di dalamnya.
Keputusan itu sempat diprotes oleh atasan Agus, Benny Moerdani.
Alih-alih mendapat persetujuan, Benny justru dimutasi ke Kostrad karena dianggap membangkang. Sedangkan Agus tetap dikeluarkan dari RPKAD.
Sekeluarnya dari Kopassus, Agus sempat bergabung dengan Resimen Tjakrabirawa atau Pasukan Pengawal Presiden RI Soekarno.
Tetap Jalankan Tugas Meski Dalam Keterbatasan
Dijelaskan dalam buku 'Bagimu Negeri, Jiwa Raga Kami' karya Bob Heryanto Hernoto, Agus kemudian ditarik Benny untuk bergabung di unit intelijen Kostrad.
Sejak itulah Agus melanjutkan karier militernya di dunia intelijen.
Mengutip dari Kompas.com, Agus dan Benny lalu bergabung dengan Operasi khusus (Opsus) yang dipimpin oleh Ali Moertopo.
Keduanya bertanggung jawab langsung kepada Presiden Soeharto.
Di dalam Opsus Agus menjadi orang kepercayaan Ali dan Benny.
Bahkan, siapa pun yang ingin bertemu dengan Ali dan Benny harus melalui dia sehingga muncul ungkapan "Agus itu Opsus. Opsus itu Agus".
Di dalam Opsus Agus bertugas menjadi semacam Komandan Detasemen Markas atau Dandenma) yang mengatur segala hal terkait operasi-operasi opsus.
Ia juga terlibat dalam berbagai operasi Opsus di Irian Barat dan Timor Timur.
Agus juga sempat mendapat penghargaan Bintang Sakti dari pemerintah setelah adan kesaksian akan keberaniannya saat berhadapan dengan tentara Belanda saat ditawan.